Кафедра начала функционировать в 1983 г. на Общетехническом факультете МВТУ им. Н.Э. Баумана. Ее костяк составила научная группа, занимавшаяся исследованием и разработкой технологий автоматизированного проектирования на кафедре "Вычислительные машины, комплексы и системы".
На рубеже 70-80 г.г. удалось обобщить подходы и методы автоматизированного проектирования, созданные членами группы для САПР радиоэлектронной промышленности, и развить их для применения в отраслях машиностроения. На этой основе были разработаны курс "Основы автоматизированного проектирования", создан цикл лабораторных работ и издано первое в СССР учебное пособие для студентов широкого круга инженерных специальностей.
В 1987 г. кафедра получила статус выпускающей кафедры в составе факультета "Робототехника и комплексная автоматизация" и в 1993 г. первые воспитанники кафедры получили квалификацию инженеров по специальности "Системы автоматизации проектирования".
По инициативе сотрудников кафедры в МГТУ создан совместно с американской фирмой Bentley учебно-исследовательский центр по CAD/CAM системам, возглавляемый доцентами Жуком Д.М. и Маничевым В.Б. и Центр дистанционного обучения. В этих центрах студенты проходят практику, выполняют курсовые и дипломные проекты.
Кафедра САПР МГТУ им. Н.Э. Баумана признается одной из ведущих кафедр САПР в России.
Коллективом кафедры подготовлен и в издательствах "Высшая школа" и МГТУ выпущен ряд учебников и учебных пособий, сыгравших определяющую роль в подготовке инженерных кадров по САПР в нашей стране.